Гинтама: Сказание о Бэнидзакуре

События разворачиваются за двадцать лет до начала оригинальной игры. Главный герой слышит в своем сознании незнакомый голос, призывающий его на помощь. После этого он оказывается перенесенным в другой мир. Этот мир разделен между двумя государствами, которые ведут продолжительную войну. Причиной конфликта являются источники особой энергии, необходимые для существования обеих сторон.

Лидеры враждующих стран предпринимают попытку заключить временное перемирие, однако достигнутое соглашение остается неустойчивым. Оказавшись в центре этих событий, главный герой понимает, что его судьба связана с политическими интригами и военным противостоянием. Его присутствие в этом мире оказывается значимым для будущего обоих государств, а его решения могут повлиять на исход многолетнего конфликта. В ходе развития сюжета герой находит союзников, стремящихся изменить ситуацию, и сталкивается с персонажами, которые пытаются использовать его в своих интересах.